m6A修飾圖譜構(gòu)建及作用機(jī)制：通過(guò)m6A甲基化測(cè)序（MeRIP-Seq,miCLIP）構(gòu)建疾病細(xì)胞模型或者發(fā)病組織的m6A修飾譜，分析m6A的motif,peaks數(shù)量及分布，Peak關(guān)聯(lián)基因的特征，聯(lián)合RNA-seq研究m6A甲基化與表達(dá)的關(guān)系。m6A研究思路方案一方案二研究案例1、.(IF=)為研究ALKBH5的m6A作用機(jī)制，作者利用芯片和m6A-seq篩選到膠質(zhì)瘤增殖相關(guān)的FOXM1，通過(guò)qPCR、WB、免疫熒光、核質(zhì)分離WB/qPCR、RIP和MeRIP等實(shí)驗(yàn)證明ALKBH5通過(guò)去甲基化調(diào)節(jié)FOXM1在GSCs中的表達(dá)。為研究ALKBH5對(duì)FOXM1的作用是否受其他因子的調(diào)節(jié)，作者研究了FOXM1的鄰近基因，發(fā)現(xiàn)lncRNAFOXM1-AS與FOXM1序列互補(bǔ)，且共表達(dá)、共定位，進(jìn)一步通過(guò)RIP,RNApulldown等實(shí)驗(yàn)證明lncRNAFOXM1-AS促進(jìn)ALKBH5和FOXM1初級(jí)轉(zhuǎn)錄本的相互作用。通過(guò)細(xì)胞實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步驗(yàn)證ALKBH5在lncRNAFOXM1-AS的作用下維持FOXM1的表達(dá)和細(xì)胞增殖，從而維持GSCs的干性。圖3ALKBH5敲除細(xì)胞中m6A修飾的特征和基因表達(dá)的變化2、RNAN6-methyladenosinemethyltransferaseMETTL3promoteslivercancerprogressionHepatology,2017.(IF=)表觀遺傳改變極大地促進(jìn)了人類癥的發(fā)生。傳統(tǒng)的表觀遺傳研究主要集中在DNA甲基化，組蛋白修飾和染色質(zhì)重構(gòu)。近。由于大部分研究使用到的是人類來(lái)源的細(xì)胞，種植到免疫正常的動(dòng)物體內(nèi)會(huì)發(fā)生免疫排斥反應(yīng)。江蘇病理科研技術(shù)服務(wù)構(gòu)建

把膜先用TBST泡洗兩遍再用5%脫脂奶粉或者BSA室溫封閉1-2小時(shí)。注意一定要讓蛋白面充分接觸封閉液。2、孵一抗脫脂奶粉封閉的話，要用TBST泡洗三遍再轉(zhuǎn)移至一抗溶液中，BSA封閉的可以直接轉(zhuǎn)移至一抗中。如果膜的寬(膜是一個(gè)長(zhǎng)方形，這里的寬與長(zhǎng)相對(duì)應(yīng))不大于8毫米，我習(xí)慣置于15毫升離心管中孵育，兩條膜"背對(duì)背"式放置于一個(gè)管子里(3毫升液體即可)。如果大于8毫米，就用普通的5格的一抗孵育盒(4毫升即可)。4度過(guò)夜，一般是12-18個(gè)小時(shí)，注意放置水平，用搖床。內(nèi)參等蛋白豐度很高的如果孵久了可能出現(xiàn)條帶連在一起的情況，這時(shí)可以縮短孵育時(shí)間或者降低一抗的濃度。六、孵二抗顯影1、孵二抗室溫一個(gè)小時(shí)足矣。這步要注意的是建議用5%BSA或者脫脂奶粉稀釋二抗，這樣背景會(huì)干凈許多。也要注意膜的蛋白面要充分接觸二抗溶液，我們一般一條膜一個(gè)槽地孵。2、顯影這一步有個(gè)細(xì)節(jié)可能有些同學(xué)沒注意到，就是ECL發(fā)光液要與HRP反應(yīng)一分鐘后顯影效果才會(huì)更好，還有要注意的是顯影液要均勻覆蓋，一般第二次顯影(加新的顯影液)比一次好看。貴州疾病科研技術(shù)服務(wù)服務(wù)常用于研究細(xì)胞的成瘤能力、細(xì)胞的轉(zhuǎn)移、細(xì)胞的耐藥和靶分子對(duì)腫瘤細(xì)胞的發(fā)展的影響等等。

是整體甲基化進(jìn)程所必須的[2]。FTO是ALKB家族的成員，作為個(gè)被發(fā)現(xiàn)的去甲基酶，可影響剪切因子SRSF2的RNA結(jié)合能力，進(jìn)而調(diào)控pre-mRNA的剪切加工過(guò)程[3]。目前已發(fā)現(xiàn)FTO調(diào)節(jié)異常與肥胖、大腦畸形和生長(zhǎng)遲緩相關(guān)，揭示m6A可能對(duì)這些疾病具有重要的調(diào)節(jié)功能[4-6]。ALKBH5是ALKB家族中被發(fā)現(xiàn)具有去甲基作用的另一個(gè)成員，以RNaseA敏感的方式與核小斑共定位，它可直接催化m6A-甲基化腺苷去除甲基而不同于FTO的氧化去甲基化[7].此外，ALKBH5和它的去甲基化活性影響新生mRNA合的成和剪切效率[7]，且ALKBH5敲除雄性小鼠表現(xiàn)出精子發(fā)生異常，這可能是精子發(fā)生相關(guān)基因表達(dá)改變的結(jié)果[7]。m6AmRNA修飾執(zhí)行其功能主要通過(guò)兩個(gè)途徑：精細(xì)調(diào)控甲基化轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)，以阻止或誘使蛋白-RNA相互作用；或被直接由m6A結(jié)合蛋白識(shí)別，誘發(fā)續(xù)反應(yīng)。目前一類含有YTH功能結(jié)構(gòu)域的蛋白被鑒定為m6A修飾的結(jié)合蛋白。其中YTHDF1,YTHDF2,YTHDF3，YTHDC1和YTHDC2己被證實(shí)是ｍ６Ａ的結(jié)合蛋白.YTHDF1主要影響ｍ６Ａ修飾基因的翻譯，YTHDF2主要影響ｍ６Ａ修飾基因的降解，而YTHDC1結(jié)合ｍ６Ａ修飾的基因影響其剪接。HNRNPC是一種豐富的核RNA結(jié)合蛋白，參與pre-mRNA的加工[8]。

m6A研究又有新手段了？趕緊來(lái)了解一下吧！欄目：研究動(dòng)態(tài)發(fā)布時(shí)間：2019-08-14RNA甲基化m6A是如今的研究熱點(diǎn)之一,Cell上新發(fā)表了一篇介紹不使用m6A抗體的檢測(cè)mRNAm6A水平的Resource文章......RNA甲基化m6A是如今的研究熱點(diǎn)之一，目前主要的研究思路包括差異表達(dá)的write，reader和eraser基因分析；m6A抗體檢測(cè)全轉(zhuǎn)錄組甲基化水平；分析m6A甲基化水平變化的靶基因和下游機(jī)制研究。而在7月25日的Cell上新發(fā)表了一篇介紹不使用m6A抗體的檢測(cè)mRNAm6A水平的Resource文章，小編時(shí)間和大家分享一下。作者開發(fā)這一方法的前提是有研究報(bào)道了MazF能特異性的識(shí)別無(wú)修飾的ACA序列并發(fā)揮RNA酶活性在ACA之前剪切底物。但ACA序列的個(gè)A發(fā)生m6A甲基化之后將無(wú)法被MazF所識(shí)別，如圖一所示。圖1MazFRNA酶作用示意圖根據(jù)這一原理，作者將純化后的mRNA進(jìn)行MazF酶處理，然后再對(duì)打斷的RNA進(jìn)行逆轉(zhuǎn)建庫(kù)測(cè)序。對(duì)于無(wú)修飾的位點(diǎn)，ACA處被完全剪切，測(cè)序reads正好分布于該位點(diǎn)上下游而且比對(duì)至該處的上下游reads數(shù)是相同的.如圖2所示。而甲基化位點(diǎn)的reads會(huì)包含上下游的序列。作者開發(fā)了MAZTER-MINE軟件包專門進(jìn)行分析（圖3）。純干貨Western blot （WB）條帶灰度統(tǒng)計(jì)與GraphPad作圖.

如胰腺，一般取胰島較多的胰腺尾部；肺應(yīng)取有細(xì)支氣管及帶有軟骨片的小支氣管部。如果實(shí)驗(yàn)需進(jìn)行多樣本的采集，采集順序應(yīng)按照：消化，神經(jīng)系統(tǒng)，皮膚，肌肉等的順序進(jìn)行。選好塊的切面。熟悉某些成分安排，然后決定其切面的走向；如一長(zhǎng)管狀以橫切面較好。切除不需要的部分。特別是周圍的脂肪等，應(yīng)盡可能掉，否則給固定、脫水、浸蠟、切片等帶來(lái)一些不必要的問(wèn)題。樣品的固定（1）固定的方法：①小塊固定法：從動(dòng)物取下的小塊，立即置入液態(tài)固定劑（這是應(yīng)用經(jīng)常的方法）。②注射/灌注固定法：某些塊由于體積過(guò)大或固定液極難滲入內(nèi)部或需要對(duì)整個(gè)臟器或整個(gè)動(dòng)物進(jìn)行固定，這時(shí)宜采用注射固定法，將固定液注入血管，經(jīng)血管分支到達(dá)整個(gè)和全身，從而得到充分的固定。另，空腔比如肺，肺內(nèi)含有空氣，固定液難以滲入，建議先做肺灌注，使得肺充盈滿固定液以后再進(jìn)行保存，如果空腔中氣體沒有排出，后續(xù)可能影響固定效果（沒有灌注的肺會(huì)浮在液體表面不利于固定，切片以后也會(huì)看到很多的空泡）。③蒸汽固定法：比較細(xì)小而薄的標(biāo)本，可用鋨酸或甲醛蒸汽固定。主要用于血液或細(xì)胞涂片以及某些薄膜的固定。。動(dòng)物疾病模型：為人類健康保駕護(hù)航。海南小鼠科研技術(shù)服務(wù)實(shí)驗(yàn)室

動(dòng)物疾病模型還為科研人員提供了研究人類疾病的跨學(xué)科方法。江蘇病理科研技術(shù)服務(wù)構(gòu)建

注意事項(xiàng)1.病毒包裝的幾個(gè)關(guān)鍵點(diǎn)主要包括：細(xì)胞因素、載體系統(tǒng)(盡量使用成熟的商業(yè)化載體系統(tǒng))、構(gòu)建重組的質(zhì)粒正確與否、質(zhì)粒抽提純化情況、包裝轉(zhuǎn)染控制(24、48小時(shí)的細(xì)胞及熒光狀態(tài)判斷)、目的基因?qū)Σ《景b影響(基因大小、序列情況、蛋白功能毒性等都會(huì)影響到是否能包裝成功)。，需要觀察包裝病毒后的48h培養(yǎng)基顏色是否橙紅。3.病毒濃縮：病毒一般在48h和72h各收一次。如果不想濃縮病毒的話，也可以直接將收集的病毒上清作為要的細(xì)胞的培養(yǎng)基，但是可能效果會(huì)不太好。并且一般收病毒時(shí)，培養(yǎng)基的營(yíng)養(yǎng)已經(jīng)損耗了很多，那樣直接培養(yǎng)細(xì)胞會(huì)損害細(xì)胞，所以建議還是進(jìn)行濃縮后再。常見問(wèn)題1.包裝病毒時(shí)293T細(xì)胞狀態(tài)不好，或者鋪得過(guò)密，可以選擇放棄該次實(shí)驗(yàn)。2.目的載體過(guò)大，不易。3.避免轉(zhuǎn)染過(guò)程以及后續(xù)過(guò)程出現(xiàn)的污染。江蘇病理科研技術(shù)服務(wù)構(gòu)建